先確認申報對象與所得類型
確定申告是將 1 月 1 日至 12 月 31 日的所得於隔年申報的程序。所得屬於事業所得或雜所得，可能會影響帳簿與扣除額的處理方式。如果同時有薪資所得，或有已預扣稅款的報酬，也需要整理預扣稅票與支付明細。申報期間可能因年度與假日而有所不同，請確認日本國稅廳公布的該課稅年度日程。
藍色申告需要事前申請與帳簿
藍色申告特別扣除額可能依帳簿方式與提交方法分為 10 萬日圓、55 萬日圓或 65 萬日圓。若要取得 65 萬日圓扣除額，除了複式簿記等條件外，還必須符合透過 e-Tax 提交或保存電子帳簿的條件。申請期限也會依開業時間而有所不同，因此不能認為只要申報時選擇即可。
必要經費必須能說明與事業的關聯性
業務用通訊費、消耗品費、廣告費與租金等，只能將用於事業的部分列為必要經費。像住家或手機這類同時供私人使用的費用，請訂定使用比例並保留依據。高價設備可能不能在購買年度一次全額列支，而需要進行折舊。收據、發票與交易明細請依稅法規定的保存期限妥善保管。
提交 e-Tax 前再核對一次數字
請確認銷售額合計是否與入帳明細相符、預扣稅額是否完整計入，以及是否混入私人支出。可使用的認證方式，例如 My Number 卡方式，請參閱 e-Tax 的說明。會計軟體可以協助輸入資料，但不會替你判斷費用是否與業務相關。
繳稅與退稅日程依結果而異
如果有應繳稅款，請依申報書上標示的期限與方式辦理。退稅所需時間則會依申報內容與審查狀況而有所不同。如果是消費稅課稅事業者，或涉及海外交易、支付給家人的薪資、大額資產出售，建議在申報前向稅務署或稅理士確認，以策安全。